Pada 17-19 November 2016, Kementerian Pendidikan Malaysia (KPM) telah menganjurkan Pertandingan Inovasi Sains, Teknologi dan Kejuruteraan (PISTEK) peringkat kebangsaan 2016 dan 2 projek dari Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu telah berjaya dipilih untuk dipertandingkan. Pertandingan ini diadakan di Kolej Vokasional Langkawi, Langkawi, Kedah. Dalam pertandingan ini, SMSKP telah berjaya mendapat 2 Anugerah Gangsa bagi kedua-dua projek yang dipilih.
Namun begitu, dukacita dimaklumkan bahawa kedua-dua projek ini gagal untuk dipilih bagi menyertai INTEL ISEF 2017 yang akan diadakan di Los Angeles, United States Of America (USA). Tetapi, warga SMSKP tetap berbangga dengan kedua-dua pasukan ini kerana mereka ini antara 18 projek terbaik kebangsaan yang dipilih bagi bertanding dalam PISTEK 2016. Cuba lagi dan diharapkan SMSKP dapat melayakkan diri ke INTEL ISEF 2018 kelak. Insya-Allah.