Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu atau lebih dikenali sebagai KUPSIS merupakan sebuah Sekolah Berasrama Penuh (SBP) yang dibina dalam pakej Rancangan Malaysia Ke-9. Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu terletak di Batu 19, Jalan Kodiang dalam Mukim Putat, Jitra, Kedah Darul Aman. Sekolah ini dibina di atas tanah sawah berkeluasan 25 hektar, Mula dibina pada 11 Mac 2007 dan diserahkan secara rasmi oleh Jabatan Kerja Raya bagi pihak Kerajaan kepada KPM pada 11 Mac 2009. Sekolah ini merupakan Sekolah Berasrama Penuh ke-56 yang memulakan sesi persekolahan pada bulan Mei, 2009 selepas SMS Kepala Batas, Pulau Pinang.
Dengan moto Sukses-Kreatif-Produktif serta slogan "Striving Together Towards Excellence", Sekolah Menengah sains Kubang Pasu diyakini akan berjaya menggalas visi, misi dan matlamat penubuhannya seperti Sekolah Berasrama Penuh yang lain, Insya-Allah
Pengambilan pertama pelajar berjaya dilakukan pada 12 Mei 2009. Sehingga hari ini, KUPSIS mempunyai 740 orang pelajar. KUPSIS memulakan sesi persekolahan dengan kehadiran 22 orang guru yang didatangkan khas dari SBP / SBPI seluruh negara dan sekolah menengah harian dan teknik yang lain serta dibantu oleh tiga orang staf sokongan iaitu :
- Ketua Penyelia Asrama N22
- Pembantu Tadbir N11
- Pemandu R3
Dalam keadaan serba baharu, sekolah pada waktu itu masih belum mempunyai pasukan pengurusan yang sempurna, buat sementara waktu ia ditadbir-urus oleh seorang "care-taker" yang dilantik oleh pihak BPSBPK iaitu Tuan Haji Jaafar Bin Mohd Ramli dari Sekolah Menengah Sultan Abdul Halim, Jitra.
Beliau memainkan peranan utama menyedia dan mengurus segala keperluan keutamaan bagi sebuah SBP baharu. Pada 31 Julai 2009, Tuan Haji Jaafar Bin mohd Ramli kembali semula bertugas di Sekolah Menengah Sultan Abdul Halim. Pada hari berikutnya, datanglah beransur-ansur pasukan pengurusan sekolah iaitu :
- En Abdul Talib Bin Haji Sulaiman sebagai Penolong kanan Hal Ehwal Murid pada 1 Ogos 2009 yang datang dari Sekolah Menengah Sains Pokok Sena.
- Encik Ahmad Shahbudin Bin Hj Ismail sebagai Penolong Kanan Kokurikulum pada 16 September 2009 yang datang dari Sekolah Menengah Sains Sultan Mohamad Jiwa.
- Pn Hajah Rafeah Binti Hashim sebagai Penolong Kanan Pentadbiran pada 1 Oktorber 2009 yang datang dari Sekolah Menengah Sultan Abdul Halim.
- Tuan Haji Ismail bin Ibrahim sebagai Pengetua Cemerlang pada 16 November 2009.
Dengan tibanya pengetua pada 16 November 2009, maka lengkaplah pasukan pengurusan sekolah.
