Sekolah Menengah Sains Kubang Pasu terdiri daripada satu blok pentadbiran / akademik yang terdiri daripada :
- Pusat Sumber Abdullah Munsyi
- Dataran perhimpunan
- Blok menengah atas dan menengah rendah
- Bengkel
- Makmal Sains
- Dewan serbaguna
Di bahagian asrama pula, dilengkapkan dengan:
- 1 dewan makan asrama
- Asrama blok putera 3 tingkat
- Asrama blok puteri 3 tingkat
- Surau Al-Itqaan
- Kantin
Bagi memeriahkan aktiviti sukan dan permainan, sekolah ini dilengkapi dengan:
- Padang bola berkeluasan 90m kali 70m
- balapan olahraga 400m
- padang hoki
- gelanggang bola keranjang
- gelanggang tenis
- gelanggang bola tampar
- gelanggang bola jaring
Di bahagian belakang sekolah pula, dilengkapi dengan:
- kuaters guru dan staf sokongan
- 1 unit banglo jenis C ( pengetua )
- 4 unit rumah teres dua tingkat jenis D ( penolong-penolong kanan )
- 1 flat tiga tingkat jenis F ( 12 warden )
- 6 unit rumah teres jenis G ( staf sokongan )
- garaj bas
- astaka
- taman permainan kanak-kanak
Penambahbaikkan Infrastruktur
Bermula pada tahun 2013, telah banyak penambahbaikkan yang telah dilakukan oleh pihak sekolah bagi memberikan keselesaan kepada para pelajar dan guru bagi menaikkan semangat mereka untuk terus membawa nama SMSKP ke peringkat antarabangsa. Antara penambahbaikkan yang telah dilakukan adalah:
- Memasang penghawa dingin di Dewan Bitara
- Memasang penghawa dingin di Surau Al-itqaan
- Membina gelanggang hoki
- Membaiki kerosakkan di seluruh kawasan sekolah
- Menubuhkan Kelas Abad Ke-21
- Membina Speaker Corner di dataran sekolah
- Membina tangga yang menghubungkan dataran sekolah terus ke pejabat sekolah
- Mencantikkan dan menceriakan kawasan sekolah dan asrama